أما مصدر ترتيب الآيات فهو الله سبحانه ولذلك كانت تنزل بعض الآيات بصورة فردية فيأمر النبي(ص) بوضعها في موضع خاص من سورة خاصة كالآية 281 من سورة البقرة. وأما تسمية السور فقد ورد على لسان النبي(ص) والأئمة الكرام(ع) إسم الكثير منها كما هو واضح لمن قرأ روايات فضائل السور، وأما ترتيب السور فالموجود ليس تعبدياً ولكن الإمام علي(ع) وأهل البيت(ع) من بعده قبلوا أقرّوه، مع أن ترتيب السور في مصحف الإمام(ع) الذي عرضه على القوم فرفضوه مختلف لأنه مرتب بحسب تاريخ النزول كما ذكر في التاريخ.
وللتوسع في البحث القرآني يمكن الاستفادة من كتابات المرحوم الشيخ محمد هادي معرفة كالتمهيد في علوم القرآن والتفسير والمفسرون وشبهات وردود.